В структуру Администрации Змеиногорского района входят следующие структурные подразделения:
- 2 управления:
- Управление по сельскому хозяйству, землепользованию, природопользованию и управлению муниципальным имуществом,
- Управление делами
- 3 комитета:
- Комитет по финансам, налоговой и кредитной политике,
- Комитет по образованию и делам молодежи,
- Комитет по физической культуре и спорту
- 8 отделов:
- Отдел экономики,
- Отдел по труду, развитию предпринимательства,
- Отдел архитектуры, строительства, транспорта и благоустройства,
- Отдел энергосбережения и ЖКХ,
- Отдел программного обеспечения,
- Отдел по гражданской обороне, чрезвычайным ситуациям и мобилизационной подготовке,
- Архивный отдел,
- Юридический отдел
Управление по сельскому хозяйству, землепользованию, природопользованию и управлению муниципальным имуществом, Комитет по образованию и делам молодежи, Комитет по культуре и туризму наделены правами юридического лица и статусом органа местного самоуправления.